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Jueves, 28 Noviembre 2013 00:18

Amide: software de post-procesamiento de imágenes médicas gratuito

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Amide es una herramienta gratuita de visualización, análisis y registro de conjuntos de imágenes volumétricas de grado médico. Actualmente disponible para plataformas Windows, Mac OS X y Linux este software es una excelente opción para la manipulación, edición y representación volumétrica de muchas modalidades de imagen entre ellas TC, PET y RMN.

FDG PETCT

Es una excelente herramienta para realizar reconstrucciones con base en cortes en distintos planos, dibujar contornos (incluso volumétricos), post-procesamiento usual de imágenes médicas y gestión de estudios multi-modalidad. Es decir, permite superponer imágenes de un tipo (ej. TC) con imágenes de otro (ej. PET).

Se rige bajo estándares DICOM por lo que las imágenes importadas deben estar bajo esta modalidad. Las principales características con que cuenta este software están:

  • Elegir orientación de las imágenes, grosor de vista de corte y zoom.
  • Múltiples conjuntos de imágenes pueden ser importados y visualizados a la vez.
  • Soporte para mapas de colores comunes. (Ej. metal caliente).
  • Dibujar regiones de interés en tres dimensiones.
  • Importación de datos crudos (RAW), Dicom 3.0, Arc/NEMA 2.0 entre otros.
  • Importación de datos clínicos en formato DICOM.
  • Aplicación automatizada de filtro anisotrópicos: Gausiano, Media 2D y Media en 3D.
  • Salvar estudios como un archivo XML.
  • Generar archivos de video MPEG de vistas en 3D.
  • Muchas otras funciones avanzadas de procesamiento digital de imágenes.

El uso de la aplicación es sencillo. Básicamente consiste de una ventana principal en la cual se encuentra la barra superior de herramientas. Para importar archivos es necesario dirigirse a File > Import File y elegir el formato de importación. Una vez hecho esto eligen los ficheros y se importan. Como se mencionó anteriormente es posible realizar múltiples importaciones en distintas modalidades de imagen.

Menú 011

{josociallocker}

Una vez importados los datos, podremos observar a la derecha de la ventana que tendremos las tres vistas de los datos importados (sagital, coronal y axial).

{/josociallocker}

Selección 003

 

Podremos navegar a través de los cortes en cualquiera de estos planos. En la parte superior, podremos encontrar herramientas como Zoom, Grosor de corte y campo de visión:

Selección 004

Podremos habilitar y deshabilitar las vistas de acuerdo a la necesidad:

Selección 009b

En el panel izquierdo determinaremos cuales de los datos importados serán mostrados. Es decir si importamos TC y PET podremos elegir quitar los datos de PET por ejemplo.

Selección 007

También podremos elegir el tipo de interpolación a utilizar, en este caso, la tri-linear consumirá más recurso y será más lenta.

Selección 010bPara la creación de un ROI debemos ir a Edit > Add ROI y elegir el tipo que queremos agregar. Hay disponibles volumétricos, a mano alzada en 2D y 3D entre otros.

Menú 012

En el menú View podremos crear una vista en "Serie" de un plano como se muestra en el ejemplo.

Series m2862 transverse - over Space 015

Dentro de este mismo menú está la opción de renderizado de volumen. Con esta herramienta podremos generar una vista en 3D basada en los datos importados. Es necesario aclarar que dependiendo de la calidad de los datos esta vista puede no ser del todo precisa.

Rendering Window 014

Dentro de las herramientas principales del software está un asistente de alineación de estudios. Esto para que la superposición de dos estudios en dos modalidades distintas sea lo más preciso posible. Este proceso se puede realizar utilizando marcadores fiduciarios o de manera automatizada.

amide 022

Es importante tomar en cuenta que es necesario elegir cual de los estudios permanecerá fijo y cual se moverá para alcanzar la alineación. Otras herramientas destacadas son el análisis de estudios dinámicos, la generación de líneas de perfil de la imagen así como calcular estadísticas del ROI.

Otra posibilidad es aplicar operaciones que involucren dos conjuntos de datos. De momento, el sistema cuenta con operación de adición y substracción. Esto quiere decir que se puede agregar o quitar un grupo de imágenes de otro conjunto de datos DCM.

amide 021

Por otro lado, Amide nos presenta una edición avanzada de cada estudio por separado al hacer clic derecho sobre el nombre del conjunto de imágenes. En la ventana que aparece podemos visualizar información básica de las imágenes como fecha de adquisición o dosis inyectada.

Modification Dialog CT  024

Podemos analizar el tamaño del voxel, la rotación en los distintos planos, el rango de colores en que queremos que se presente la información, contando con la posibilidad de utilizar "ventanas" predeterminadas (que corresponden a un nivel y ancho de ventana específicos para cierto estudio).

Modification Dialog CT  024002

Por último, una herramienta muy importante es la capacidad del programa para que le asignemos valores en unidades Hounsfield a diferentes estructuras en forma de rangos.

Modification Dialog CT  024003

Amide, es una poderosa herramienta muy útil para estudiantes que quieran practicar desde sus casas lo aprendido en la universidad, así como para profesionales que quieran sacarle el mayor provecho a las herramientas avanzadas que posee.

 

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