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Domingo, 01 Diciembre 2013 03:36

Reconstrucciones volumétricas con 3D Slicer.

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Una de las herramientas más desarrolladas de 3D Slicer es la dirigida a realizar reconstrucciones volumétricas con base en conjuntos de imágenes en los tres distintos planos: axial, coronal y sagital. Para explicar esta herramienta utilizaremos datos de muestra que pueden ser descargados desde el sitio oficial de Slicer.


Una vez descargados, abriremos el archivo de interés. Para esto hacemos clic en Add data.

3dslicerreconvoladddata
Elegimos importar desde carpeta y la abrimos.

3dslicerreconvoladddatadirectory
Marcamos únicamente el archivo MRML Scene y clic en Ok.

3dslicerreconvoladddatamrmlscene
Podemos visualizar entonces una reconstrucción en 3D y los cortes en axial, sagital y coronal.

En la herramienta "Vista", vamos a seleccionar "Conventional Widescreen".

3dslicerreconvolwidescreen2
De forma que se observe similar a el ejemplo.

3dslicerreconvolwidescreenvista
En la ventana de cortes axiales podemos activar su superposición con la reconstrucción en 3D haciendo clic en el pin de la esquina y luego en el ojo.

3dslicerreconvolredpin
Utilizando la herramienta Models 3dslicerreconvolherramientamodels podemos ver a la izquierda todos los elementos identificados dentro de las imágenes con sus respectos colores de representación. Nota: en un futuro artículo explicaré como crear estos modelos.

3dslicerreconvolredpiel
Para editar alguno de ellos hacemos clic sobre él y nos dirigimos a la pestaña Display. En ella, podremos modificar color, opacidad, luminosidad, tipo de textura y editar muchos parámetros más relacionados al volumen.

3dslicerreconvolredpielopacidad
El resultado de editar la opacidad en piel es este.

3dslicerreconvolvistasinpiel
Si bajamos la opacidad a piel y cráneo y activamos la opción de visualización de los cortes en axial y coronal en vista 3D el resultado será así.

3dslicerreconvolpielcraneoop
O así.

3dslicerreconvolredpielopacidadcruce

Pero ¿cómo creamos una reconstrucción en 3D a partir de imágenes 2D?

Una vez que tengamos importadas imágenes en los tres planos podremos crear una reconstrucción en 3D por medio del módulo Volume Rendering.

3dslicerreconvolmodulovolrend

Elegimos el conjunto de imágenes y hacemos clic en el ojo de la izquierda.

3dslicerreconvolvoleleccion
Podemos elegir alguno de los mapas de colores predeterminados.

3dslicerreconvolmodulovolrendpresentsvista
O definir parámetros a nuestro gusto en la pestaña "Advanced".

3dslicerreconvolmodulovolrendavanzado

Para un resultado como este.

3dslicerreconvolmodulovolrendresultado
Esta herramienta, como hemos visto, ofrece muchas posibilidades para post procesamiento de imágenes. La calidad de una reconstrucción varía de acuerdo a la calidad de las imágenes originales. En futuros artículos estaré profundizando en más herramientas que implican la reconstrucción volumétrica y que combinadas con otras pueden llegar a ser muy útiles en distintas situaciones.

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